Dva roky výskumu, stovky nových bakteriálnych izolátov, 500 sekvenovaných genómov, analýza dlhodobých nemocničných dát, vedecké publikácie a funkčná analytická aplikácia. Projekt StaphySearch sa po dvoch rokoch uzatvára – jeho výsledky však zostávajú základom pre ďalší výskum antibiotickej rezistencie a nemocničných infekcií.

Projekt Staphylococcus Strain Variation in Slovak Hospitals – StaphySearch realizovala organizácia MediXbank od 1. júla 2024 do 30. júna 2026. Jeho cieľom bolo prepojiť rutinné mikrobiologické dáta, genetickú charakterizáciu baktérií, sekvenovanie celých genómov a dátovú analytiku.

Viac ako deväť rokov mikrobiologických dát

Výskumný tím analyzoval údaje z laboratórneho informačného systému AMEBA za obdobie od apríla 2017 do júna 2026. Po spracovaní tvoril analytický súbor 19 432 izolátov Staphylococcus aureus a Staphylococcus epidermidis.

Dáta umožnili sledovať vývoj antibiotickej rezistencie v čase, rozdiely medzi oddeleniami aj zmeny pred pandémiou COVID-19, počas nej a po nej.

Pri Staphylococcus aureus sa napríklad ukázal dlhodobý pokles MDR prevalencie približne z 94,7 % v roku 2017 na 69,6 % v roku 2026, hoci počas pandemických rokov boli hodnoty vyššie.

502 nových izolátov a 500 sekvenovaných genómov

Druhou veľkou časťou projektu bol zber nových stafylokokových izolátov z rutinných laboratórnych vyšetrení.

Výsledkom bolo 502 izolátov zo 190 klinických pracovísk z rôznych častí Slovenska. Väčšinu tvoril Staphylococcus aureus.

Z týchto vzoriek bolo následne úspešne sekvenovaných 500 celých bakteriálnych genómov.

Sekvenovanie celého genómu umožňuje pozrieť sa na baktériu detailnejšie než bežná laboratórna identifikácia. Vedci môžu sledovať gény antibiotickej rezistencie, genetickú príbuznosť jednotlivých izolátov či konkrétne sekvenčné typy.

StaphySearch ako praktický výstup projektu

Jedným z hlavných výstupov je webová aplikácia StaphySearch.

Aplikácia prepája mikrobiologické a genomické údaje a umožňuje ich zobrazovať prostredníctvom grafov, trendov, heatmáp a ďalších analytických nástrojov.

Vo finálnej podobe zahŕňa 10 analytických obrazoviek pre retrospektívnu epidemiológiu, genomickú analýzu, fylogenetiku, outbreak detekciu, transmisné siete a ďalšie pohľady.

Cieľom je, aby rozsiahle laboratórne dáta neostali iba v tabuľkách, ale dali sa zrozumiteľne analyzovať a interpretovať.

Projekt priniesol aj vedecké publikácie. Jedným z hlavných výstupov je štúdia Monitoring the Burden of Staphylococcus aureus: A Multi-Year Retrospective Study Using Routine Laboratory Data from a Slovak Hospital, publikovaná v roku 2026 v časopise Antibiotics.

Ďalší výstup dokumentoval využitie sekvenačno-bioinformatickej infraštruktúry a ďalšia publikácia o genetickej diverzite stafylokokových izolátov bola pri ukončení projektu vo finálnej fáze prípravy.

Koniec projektu, nie koniec výskumu

StaphySearch sa formálne skončil v júni 2026, no zanechal po sebe rozsiahle dáta, 500 sekvenovaných genómov, databázovú infraštruktúru, vedecké výstupy a funkčnú analytickú aplikáciu.

Jeho najväčším prínosom je prepojenie troch oblastí: rutinných laboratórnych dát, genomického výskumu a dátovej analytiky.

Projekt sa tak nekončí ako uzavretý príbeh, ale ako základ pre ďalšie skúmanie nemocničných infekcií, antibiotickej rezistencie a genetickej variability bakteriálnych patogénov.

Financované EÚ NextGenerationEU prostredníctvom Plánu obnovy a odolnosti SR v rámci projektu č. 09I03-03-V04-00769.